# 博士苑（PhD Garden）操作指南

> **AI 学术研究全流程平台** — 基于 ARS (Academic Research Skills) 开源项目构建
>
> 🌐 线上地址：`https://waycast.waysense.cn/phd/phd.html`

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## 目录

1. [快速开始](#快速开始)
2. [平台概览](#平台概览)
3. [模块一：深度研究团队](#模块一深度研究团队)
4. [模块二：论文写作工坊](#模块二论文写作工坊)
5. [模块三：论文审稿中心](#模块三论文审稿中心)
6. [模块四：文献语料库](#模块四文献语料库)
7. [跨模块协作](#跨模块协作)
8. [常见问题](#常见问题)

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## 快速开始

### 访问方式

直接浏览器打开：**https://waycast.waysense.cn/phd/phd.html**

### 首次使用推荐路径

```
新手：深度研究 → 发送至写作工坊 → 导出论文
有草稿：论文写作 → 论文审稿 → 修订完善
做文献综述：深度研究（Systematic Review模式）
```

### 核心使用流程（最常用）

```
1️⃣ 填写研究主题 → 2️⃣ 点击「启动深度研究」
        ↓
3️⃣ 等待 AI 引擎生成研究报告（约 30-120 秒）
        ↓
4️⃣ 查看研究报告 → 5️⃣ 点击「发送至写作工坊 →」
        ↓ （自动跳转，题目+内容自动填充）
6️⃣ 选择写作模式 → 7️⃣ 点击「✍️ 开始撰写」
        ↓
8️⃣ 查看实时预览 → 9️⃣ 导出 Markdown / Word
```

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## 平台概览

博士苑由 **4 大核心模块** 组成，由 **博士苑 AI 引擎** 驱动：

| # | 模块 | Agent 数 | 核心功能 |
|---|------|---------|---------|
| 🔬 | 深度研究团队 | 13 Agent | 文献调研、课题分析、研究报告生成 |
| ✍️ | 论文写作工坊 | 12 Agent | 全文撰写、大纲规划、改写降重、摘要生成等 |
| 👀 | 论文审稿中心 | 7 Agent | 多维度评审、量化评分、修改建议 |
| 📚 | 文献语料库 | — | 本地文献管理与检索 |

### 技术架构

```
浏览器前端 (phd.html + phd.js)
    ↓ 直连 API（绕过云函数60秒超时限制）
DeepSeek deepseek-v4-pro 模型
    ↓
博士苑 AI 引擎（统一对外品牌名）
```

- **AI 模型**：DeepSeek deepseek-v4-pro（支持长输出）
- **调用方式**：前端直连 DeepSeek API，无需经过中间层
- **响应时间**：首次请求约 10-60 秒，后续更快

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## 模块一：深度研究团队

### 入口

点击左侧导航栏「🔬 深度研究团队」，或通过顶部 Tab 切换。

### 操作步骤

1. **选择研究模式** — 7 种模式可选（详见下方）
2. **填写研究主题** — 必填，如"大语言模型在自动驾驶中的应用"
3. **选择文献来源** — 弹窗询问是否使用本地文献库
4. **点击「🔬 启动深度研究」**
5. **查看执行过程日志** — 按钮下方实时显示进度
6. **查看研究结果** — 完成后自动渲染 Markdown 格式报告
7. **导出或发送至写作工坊**

### 执行过程可视化

启动后，按钮下方会显示 **执行过程** 面板，包含：

- 🕐 时间戳 + 彩色状态消息
- 🔵 蓝色：启动信息 / 配置确认
- 🟢 绿色：完成状态
- 🔴 红色：错误提示
- 🟢 深绿色：API 调用中

### 7 种研究模式

#### 1. 🔥 Comprehensive（综合研究）— 最全面

所有 13 位专家 Agent 协作，输出完整研究报告。适合全新课题的全面调研。

#### 2. 🎯 Focused（定向研究）

聚焦特定问题，只激活相关 Agent。更快出结果。

#### 3. 🔄 Iterative（迭代研究）

分轮次执行，每轮基于前轮结果深化。苏格拉底引导式。

#### 4. 📋 Systematic Review（PRISMA 系统综述）

严格遵循 PRISMA 2020 标准，自动生成文献综述。写综述部分时首选。

#### 5. 🔍 Fact Check（事实查核）

验证某个声明/说法的真实性，引用溯源，输出可信度评估。

#### 6. 🌳 Concept Map（概念图构建）

生成 Mermaid 概念图，展示理论框架的可视化结构。

#### 7. 🎓 Socratic（苏格拉底引导式）

AI 不直接给答案，而是不断提问帮你发现认知盲点。

### 13 位研究 Agent

| 角色 | 代号 | 职责 |
|------|------|------|
| 首席研究员 | PI | 整体方向把控、假设制定 |
| 理论框架专家 | TF | 构建理论基础、概念定义 |
| 数据科学家 | DS | 数据分析、统计方法设计 |
| 文献策展人 | LC | 系统性文献检索与综述 |
| 批判分析师 | CA | 识别研究空白和方法缺陷 |
| 创新侦察员 | IS | 发现新颖角度和创新点 |
| 方法论审计员 | MA | 研究方法严谨性审查 |
| 跨学科联络员 | IC | 跨领域知识迁移与融合 |
| 假设精炼师 | HR | 研究假设细化与优化 |
| 证据综合师 | ES | 多源证据整合与权衡 |
| 魔鬼代言人 | DA | 主动寻找反证和反驳论点 |
| 研究综合师 | RS | 汇总发现形成结论 |
| 元分析师 | Meta | 对研究过程本身进行反思 |

### 结果操作

研究报告完成后可进行以下操作：

| 按钮 | 功能 |
|------|------|
| **导出 Markdown** | 下载 `.md` 格式的完整研究报告 |
| **发送至写作工坊 →** | 自动跳转到写作模块，题目和研究内容一键导入 |

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## 模块二：论文写作工坊

### 入口

点击左侧「✍️ 论文写作工坊」，或从深度研究页面点击「发送至写作工坊」自动跳转。

### 操作指南

1. **选择写作模式** — 10 种模式（详见下方）
2. **填写论文题目** — 必填（从深度研究导入时会自动填充）
3. **配置格式参数**：
   - 论文类型：IMRaD / 自定义
   - 引用风格：APA / MLA / IEEE / GB/T 7714 等
   - 目标字数：3000-20000 字
   - 语言：中文 / English
4. **填写研究背景/材料**（可选）— 从深度研究会自动填充
5. **点击「✍️ 开始撰写」**

### 写作过程可视化

与深度研究相同，按钮下方显示 **执行过程** 面板：
- 显示启动时间、论文题目、格式配置
- 显示 AI 引擎调用状态
- 完成后显示总字数

### 结果预览与导出

写作完成后在右侧 **实时预览区** 查看，提供三个操作按钮：

| 按钮 | 功能 | 说明 |
|------|------|------|
| **复制** | 复制全文到剪贴板 | 快速粘贴到其他编辑器 |
| **📥 导出 Markdown** | 下载 `.md` 文件 | 文件名自动取论文题目 |
| **📄 导出 Word** | 下载 `.docx` 文件 | 带排版样式，Word 可直接打开 |

### 10 种写作模式

#### 1. ✍️ 完整撰写（Full Paper Writing）— 最常用

从题目到成稿一站式服务。系统按 IMRaD 结构分节撰写：
Abstract → Introduction → Related Work → Methodology → Experiments → Results → Discussion → Conclusion → References

#### 2. 🗺️ 引导式规划（Guided Planning）

还没想清楚论文结构？通过交互式问答帮你理清思路，生成详细大纲和写作计划。

#### 3. 📄 仅大纲（Outline Only）

只生成详细的大纲结构，不撰写正文。适合先搭框架再填充。

#### 4. ✏️ 单节撰写（Section Writing）

只需写某一部分（如 Method / Discussion），提供上下文后专注该章节。

#### 5. 🔄 修订完善（Revision）

已有草稿需要改进。上传原文 + 审稿意见，AI 根据意见逐条修订。

#### 6. 🎯 修订指导（Revision Coach）

不给直接修改版，而是给出详细的修改建议清单，让你自己动手改。

#### 7. 🌐 改写降重（Paraphrasing）

粘贴原文段，选择改写强度，保持原意的前提下重新表述以降低重复率。

#### 8. 📝 摘要生成（Abstract Generation）

粘贴全文，自动生成结构化摘要（IMRaD 格式），200-300 字。

#### 9. 📐 格式转换（Format Conversion）

将已有论文从一种引用格式转换为另一种（如 APA → IEEE）。

#### 10. 🤖 AI 披露声明（AI Disclosure）

根据目标期刊要求（Nature / IEEE / Elsevier）生成规范的 AI 工具使用声明。

### 12 位写作 Agent

| 角色 | 职责 |
|------|------|
| 大纲架构师 | 设计论文结构 |
| 初稿撰写人 | 逐节撰写正文 |
| 论点构建师 | 强化论证逻辑 |
| 文献融合师 | 自然嵌入引用 |
| 方法设计员 | 描述研究方法 |
| 结果呈现者 | 展示数据分析 |
| 讨论引领者 | 深入解读结果 |
| 结尾匠人 | 总结与展望 |
| 编辑师 | 语言精炼与润色 |
| 格式化员 | 符合目标期刊规范 |
| 事实核查员 | 验证数据和引用 |
| 协作教练 | 团队协作品质管理 |

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## 模块三：论文审稿中心

### 入口

点击左侧「👀 论文审稿中心」。

### 操作指南

1. **选择审稿模式** — 6 种模式
2. **上传/粘贴待审论文**
3. **如需修订模式**，填写审稿评论
4. **点击启动审稿**

### 6 种审稿模式

| 模式 | 说明 | 适用场景 |
|------|------|---------|
| 🔍 综合评审 | 所有 7 位审稿人上阵，8 维度评分 | 首次审稿 |
| 🎯 靶向评审 | 只审你关心的维度 | 修改后针对性复查 |
| ⚡ 快速扫描 | 5 分钟初筛明显问题 | 投稿前最后检查 |
| 🔄 比较评审 | 两版对比分析改进退步 | 修改前后对比 |
| 📏 期刊定制 | 按目标期刊标准打分 | 投 SCI 专用 |
| 😈 压力测试 | 最高强度魔鬼审稿 | 最终定稿前 |

### 7 位审稿 Agent + 评分体系

| Agent | 审稿维度 |
|-------|---------|
| 内容专家 | 领域知识准确性 |
| 结构批评家 | 论文组织逻辑 |
| 方法审计员 | 研究方法严谨性 |
| 语言润色师 | 表达清晰流畅 |
| 引用检查员 | 参考文献规范性 |
| 伦理守护者 | 学术伦理合规 |
| 魔鬼代言人 | 主动攻击找漏洞 |

**评分等级**：A+ (90-100) / A (80-89) / B (70-79) / C (60-69) / D (<60)

审稿完成后可导出评审报告，或点击「发送至修订」跳回写作模块。

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## 模块四：文献语料库

### 功能

- 上传和管理本地文献文件（PDF / TXT / MD）
- 在深度研究和论文写作时选择是否使用本地文献
- 本地文献会作为额外上下文提供给 AI 引擎，提升研究质量

### 使用方式

1. 点击左侧「📚 文献语料库」
2. 点击「管理文献库」添加/删除文献
3. 在启动深度研究或论文写作时，系统会询问是否使用本地文献
4. 选择"使用本地文献"后，AI 会基于你的文献进行分析

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## 跨模块协作

### 深度研究 → 写作工坊（最常用流程）

这是博士苑的核心协作路径：

```
深度研究团队                    论文写作工坊
┌─────────────────┐           ┌─────────────────┐
│ 1. 输入研究主题   │ ───────→ │ 1. 题目自动填充   │
│ 2. 启动研究      │  发送至   │ 2. 内容自动填充   │
│ 3. 查看报告      │  写作工坊 │ 3. 选择写作模式   │
│ 4. 点「发送至→」 │ ───────→ │ 4. 开始撰写      │
└─────────────────┘           │ 5. 导出 MD/DOCX  │
                              └─────────────────┘
```

**操作方法**：深度研究完成后，点击结果区域下方的 **「发送至写作工坊 →」** 按钮，系统自动：
- 跳转到论文写作模块
- 论文题目 ← 深度研究的研究主题
- 研究背景材料 ← 深度研究的完整报告（截取前 3000 字）
- 自动选中「完整撰写」模式

### 写作 → 审稿 → 修订（迭代优化循环）

```
论文写作工坊 ──完成──→ 论文审稿中心 ──有修改意见──→ 回到写作（修订模式）
    ↓                      ↓                              ↓
 导出终稿               导出评审报告                   再次提交审稿
```

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## 常见问题

### Q1: 博士苑用的什么 AI 模型？

**A**: 博士苑 AI 引擎底层使用 **DeepSeek deepseek-v4-pro** 模型，专为学术写作场景优化，支持超长文本输出。所有计算都在云端完成，无需本地 GPU。

### Q2: 首次请求为什么这么慢？

**A**: 首次请求通常需要 **10-60 秒**（取决于任务复杂度和服务器负载）。这是因为：
- 需要建立 API 连接
- AI 模型需要"思考"并生成完整回答
- 深度研究和全文撰写的输出量大（几千到上万字）

后续同一会话内的请求通常会更快。

### Q3: 生成的论文能直接投稿吗？

**A**: 不建议直接投稿。博士苑的输出是高质量的**初稿/半成品**，你需要：
- 仔细审核每处引用是否准确（AI 可能"幻觉"出不存在的文献）
- 补充自己的原创观点和分析
- 根据目标期刊的具体要求调整
- 按照期刊要求的 AI Disclosure 政策进行声明

### Q4: 如何提高生成质量？

**A**:
1. **提供更具体的研究主题** — 题目越精确，输出越聚焦
2. **使用本地文献库** — 上传相关领域的 PDF/文档作为参考
3. **多轮迭代** — 先做深度研究，再写作，最后审稿，反复优化
4. **配合人工判断** — AI 是学术助手不是替代，你的专业判断不可或缺

### Q5: 数据安全吗？

**A**:
- 你的研究主题和生成内容会发送给 DeepSeek API 进行处理
- 请勿输入涉密、未发表的核心专利数据
- 对高度敏感的研究建议仅使用本地部署的模型

### Q6: 支持哪些学科？

**A**: 理论上支持所有中文学科领域，效果因领域而异：
- **效果好**：计算机、医学、教育学、商科（训练数据充足）
- **效果一般**：人文社科、法学（建议补充本地文献库）
- **建议**：对于高度专业化的领域，上传相关领域的参考文献到文献语料库

### Q7: 浏览器有什么要求？

**A**: 推荐 **Chrome 或 Edge** 最新版。需要 JavaScript 支持。纯前端应用，不需要安装任何插件。

### Q8: 过程日志里看到的 "正在调用 博士苑 AI 引擎" 是什么意思？

**A**: 这是执行过程的正常提示，表示系统正在调用 AI 后端生成内容。请耐心等待，通常 30 秒 - 2 分钟内返回结果。按钮下方的执行面板会实时更新进度。

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## 更新日志

| 日期 | 版本 | 更新内容 |
|------|------|---------|
| 2026-05-20 | v2.0 | **重大重构**：① 内联 DOM 日志系统（解决日志不可见问题）② 深度研究→写作工坊一键导入（题目+内容自动填充）③ 论文写作新增导出 Markdown/Word 功能④ 品牌统一：用户可见日志全部改为"博士苑 AI 引擎"⑤ 修复 CDN 缓存问题（改文件名部署） |
| 2026-05-18 | v1.1 | 接入真实 AI 后端（DeepSeek 直连 API），四大模块全部支持真实交互 |
| 2026-05-18 | v1.0 | 初始版本，四大基础模块 UI |

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*如有问题或建议，欢迎反馈！祝论文顺利发表！* 🎓